Di tutte le chiese più antiche di Anagni si sa poco o niente riguardo alle origini e all’epoca di fabbricazione. Lo stesso accade per la chiesa di S. Giovanni, che tuttavia sembra differenziarsi dalla maggior parte delle altre, oltre che per la sua centralità, soprattutto perché è stata costruita su un complesso antico non naturale, o, forse meglio, solo parzialmente naturale, e in larga parte fabbricato e sistemato dall’uomo. Tutto il complesso su cui poggia la chiesa, e che forma la piazza antistante e la base degli edifici intorno, è infatti un’opera artificiale che risale presumibilmente al primo secolo A. C., e che ha dotato stabilmente l’Anagni pagana di uno spazio, certamente non ampio, ma di indubbio rilievo urbanistico e architettonico, soprattutto se posto in relazione alla quasi totale mancanza di spazi fruibili posto in piano in un habitat particolarmente scosceso e in forte declivio.