Il nucleo più significativo del museo è costituito prevalentemente dalle numerose testimonianze del Medioevo cittadino, a partire dai più antichi manufatti altomedievali dei secoli VII-IX per giungere alla grande statua di Bonifacio VIII in lastre di rame dorate su un’anima di legno, opera dell’orafo senese Manno Bandini, che la eseguì nel 1301 per il Palazzo Pubblico.