Con l’ascesa al soglio pontificio di Gregorio XIII (1572-1585), primo papa bolognese d’età moderna, per la famiglia Boncompagni comincia il lento processo di “romanizzazione” e “meridionalizzazione” che si protrarrà sino al XVIII secolo. Alcuni membri della famiglia papale, come i cardinali nipoti Filippo Boncompagni e Filippo Guastavillani, o il figlio legittimato Giacomo, duca di Sora, promuovono nuovi edifici sia nella città natale che nell’Urbe, residenza del sovrano pontefice. A Bologna, ove Andrea Palladio (1508-1580) è consultato per la facciata della chiesa civica di San Petronio, si forma l’architetto di famiglia Ottaviano Mascarino (1536-1606), uno dei principali architetti della Roma gregoriana. Negli stessi anni Domenico Tibaldi (1541-1583) è impegnato nella trasformazione della cattedrale di San Pietro e nel rinnovamento di alcune importanti residenze gentilizie. Pur se pochi dei rilevanti interventi programmati, come la “riforma” del complesso stefaniano, vedranno effettivamente la luce, perché i loro committenti volgeranno progressivamente i loro interessi verso la capitale e i nuovi feudi meridionali, l’innesto in Roma di nuovi linguaggi di matrice settentrionale si rivelerà molto fecondo, preludendo agli sviluppi del secolo successivo.